У живих організмах геномна ДНК в здебільшого існує у вигляді дволанцюгової спіральної форми, проте в деяких випадках можуть існувати й інші структури. Гуанін-збагачені послідовності нуклеїнових кислот здатні формувати чотири-ланцюгові (G-квадруплекси) або три-ланцюгові (триплекси) структури, в яких нуклеотидні основи утворюють так звані хугстинівські (Hoogsteen) пари.
Оскільки роль неканонічних мотивів ДНК у генній регуляції та геномній стабільності до кінця залишається нез'ясованою, розробка специфічного зонду здатного "відрізнити" триплекси та квадруплекси від канонічної ДНК має важливе наукове та практичне значення.
Рисунок 7. Структури тріади G-G-C у полі(dG-dG)-полі(dC) (A) та G-тетради в G4-ДНК (B).
Спектрально-люмінісцентними методами було досліджено взаємодію ДНК-чутливих ціанінових монометинового (Cyan 40) та триметинового (Cyan 2) барвників із дволанцюговою ДНК та неканонічними структурами. Показано, що Cyan 40 є більш специфічним до триплексів, ніж до дво- чи чотири-ланцюгової ДНК. В той же час Cyan 2 з високою афінністю зв'язується як із триплексами, так і з квадруплексами. Ми вважаємо, що формування комплексів цих барвників з трьохланцюговою ДНК відбувається за рахунок їх фіксації в борозенці, а копмлексу барвника Cyan 2 з чотирьохспіральною ДНК – за рахунок інтеркаляційного механізму.
Рисунок 8. Хімічна структура флуоресцентних зондів Cyan 40 та Cyan 2.
Досліджені барвники можуть бути запропоновані як для детекції неканонічних структур ДНК, так і для пошуку і розробки агентів, здатних специфічно взаємодіяти із неканонічними фрагментами ДНК та інгібувати їх функцію.
Немає коментарів:
Дописати коментар